武汉病毒所与复旦两篇论文: 新冠病毒SARS高度相

武汉病毒所与复旦两篇论文: 新冠病毒SARS高度相

时间:2020-02-12 17:05 作者:admin 点击:
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传染病: 分析中国新型冠状病毒

《自然》在线发表的一篇论文对最近在中国引发呼吸系统疾病爆发的一种新型冠状病毒进行了鉴定和表征,揭示了其与严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒的相似性。这篇分析文章发现了新型冠状病毒来源于蝙蝠的证据,但是此次爆发的动物来源尚待确认。

石正丽及其同事分析了7例重症肺炎患者的样本,其中6人为武汉海鲜市场内的工人,该海鲜市场在2019年12月已首次发现病例。研究者发现在其中5名病人身上获取的全长度基因组序列彼此之间几乎完全一致(相似度超过99.9%),与SARS冠状病毒有79.5%的序列一致。此外,研究人员发现该病毒序列与一种蝙蝠冠状病毒在全基因组水平上相似度高达96%,表明蝙蝠可能是该冠状病毒的来源。

Fig。 1 | Genome characterization of 2019-nCoV。 a, pie chart showing metagenomics analysis of next-generation sequencing of bronchoalveolar lavage fluid from patient ICU06。 b, Genomic organization of 2019-nCoV WIV04。 c, Similarity plot based on the full-length genome sequence of 2019-nCoV WIV04。 Full-length genome sequences of SARS-CoV BJ01, bat SARSr-CoV WIV1,bat coronavirus RaTG13 and ZC45 were used as reference sequences.d, Phylogenetic tree based on nucleotide sequences of complete genomes ofcoronaviruses。 Software used and settings can be found in material and   method section。

研究人员发现七个被鉴定和测序出的非结构性蛋白也存在于SARS冠状病毒中,表明该病毒是一种与SARS相关的冠状病毒,作者暂时将其命名为新型冠状病毒2019(2019-nCoV)。他们确认了2019-nCoV进入细胞的路径与SARS冠状病毒一样,即通过ACE2细胞受体。从感染2019-nCoV的病人体内分理出的抗体显示出在低血清稀释度下中和病毒的潜力,但是抗SARS病毒抗体是否能与2019-CoV交叉反应,仍需用从SARS病毒感染中痊愈的病人的血清来确认。

作者开发出了一种可以将2019-nCoV与其他所有人类冠状病毒区分开的测试,并展示在最初的口腔拭子样本中检测到了2019-nCoV,但随后(大约十天后)采集的样本没有显示阳性病毒结果。这项发现表明,最有可能的病毒传播途径是通过个体的呼吸道,不过作者也指出其他途径亦不无可能,仍需更多患者数据来进一步研究传播途径。

支撑该研究发现的测序数据可在GISAID中找到,登记号为EPI_ISL_402124、EPI_ISL_402127-402130以及EPI_ISL_402131。*

论文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-020-2012-7

传染病: 中国新型冠状病毒的基因组序列

《自然》杂志今天发表了与中国呼吸道疾病爆发相关的病毒的基因组序列,该病毒基因组从就职于出现首批患者的海鲜市场的一名病人身上获得。基因组分析显示,该病毒与此前在中国蝙蝠体内找到的一组SARS样冠状病毒密切相关。

张永振及同事研究了一名41岁的男性海鲜市场工人,其于2019年12月26日在武汉一家医院住院,表现出呼吸系统疾病症状,包括发烧、胸闷和咳嗽。联合使用抗生素、抗病毒药和糖皮质激素进行治疗,但患者表现出呼吸衰竭,治疗三天后病情无改善。

Fig。 1 | Genome organization of SARS and SARS-like CoVs including Tor2, CoVZC45 and WHCV determined here。

作者对从患者收集的支气管肺泡灌洗液(肺分泌物)进行了基因组测序。他们鉴定出了一种新型病毒,并发现该病毒基因组与蝙蝠体内发现的SARS样冠状病毒有89.1%的核苷酸相似性。尽管从单个患者的分析中不可能得出该冠状病毒是当前疫情爆发原因的结论,不过作者的这些发现已被针对其他患者的独立调查研究证实。

该研究得到的序列可在NCBI的SRA数据库中找到(BioProject登记号为PRJNA603194)。病毒完整基因组已存入GenBank,登记号为MN908947。*